ストーリー
2019年。地球の大気は汚染され、生き残った人々は、徹底管理のゆき届いたハイテクなコロニーで暮らしていた。ここに暮らす全ての住人の夢は、唯一汚染を免れた自然豊かな美しい島、「アイランド」に移住すること。しかし、誰も彼もがアイランドへ行けるわけではなく、コロニーでは毎日抽選が行われ、運よく当選した人物だけが、アイランド行きを許されるのだった。
主人公リンカーンも、コロニーに暮らす一人であり、そして今日もまた抽選に外れては肩を落としていた。コロニーでの暮らしは、安全且つ快適だが、下界は汚染されているため、外には出られず、唯一の楽しみといえば、施設内の女性棟に住むジョーダンと時折会話を交わせることだけ。彼は、コロニーでの生活に退屈し始めていた。そんなある日、リンカーンは、たまたま換気口から侵入して来た蛾を発見し、外の空気は汚染されているはずではなかったかという疑問を抱く。そして、部屋を抜けだしてこっそりコロニーを探索した彼は、恐るべきものを目撃してしまう。それは、数日前に当選して「アイランド」へ行ったはずの男が臓器を摘出され、また代理出産に選ばれた女性が出産後に薬殺されてしまう姿だった。リンカーンは、危険を察知し、「アイランド」行きに選ばれたばかりのジョーダンを連れて施設から脱走する。
地上に出た彼らが目にしたのは、汚染とは程遠い澄み切った青空と広がる大地だった。二人は、コロニーで友人になった技術者のマッコードを捜し出し、施設が隠している秘密を話すよう迫る。そして、自分たちが保険会社のクライアントに臓器や代理母を提供するためのクローンでしかないこと、彼らの幼い時の記憶でさえもプログラムで捏造されたものなのだということを知らされる。その後、マッコードの協力も得て、初めての下界に戸惑いつつも、手に手を取って逃亡を図るリンカーンとジョーダン。しかし、コロニーの機密を知ってしまった彼らには、既に追手が掛かっており、容赦なく二人を排除しようとしていた。
